・1600(慶長５)年関ヶ原の合戦によって徳川氏の覇権が確立し、戦国争乱の時代を経て、天下はようやく平和の機運に向かうこととなった。
徳川家康はその宗教政策として、本願寺教団の分立を行い、1602(慶長７)年に教如上人(西本願寺系准如上人の兄)に寺地を寄附し堂宇を興させ、東本願寺の分立を見るに至った。本光寺の開創はこの頃のことである。

・1607(慶長12)年本光寺の初代住職中島正信(俗名は中島仁兵衛と言い、直見城主絹川駿河守の家老であった。元近江国住人中島氏の第５代目)が東本願寺の教如上人に帰依し、東本願寺の直参に召し上げられる。この年をもって本光寺の開基とする。教如上人より阿弥陀如来絵像・十字名号・輪袈裟を賜り、西垣の小字正信川に正信が念仏の道場を開く。

・1630(寛永７)年本光寺の寺号と木像阿弥陀如来を下付される。このとき下付された木像阿弥陀如来が現在本堂に安置されている本尊である。
かくて初代正信の念願によって本光寺の寺基が確立された。

・1662(寛文２)年親鸞聖人絵像を受ける。

・1670(寛文10)年蓮如上人絵像を受ける。

・1674(延宝２)年聖徳太子絵像、七高僧連座絵像を受ける。
初代正信より第５代貞吟に至る間、正信川の地に寺堂を営んでいた。

・1767(明和４)年第６代諦了の時代、現在の地に移転、現在の堂宇を建立した。堂宇建立は、西垣の井上三良左衛門を取締役として大工棟梁出石材木町角岡義八郎宗貞、檀那頭宮垣尾﨑又次郎(与平次)その他門徒の力を結集して、地方寺院としては稀に見る優秀な建築を完成した。

・1783(天明３)年親鸞聖人伝絵４幅を受ける。

・1840(天保11)年第８代諦岸の時代、地元大工により鐘楼門(念仏門と呼ぶ)を建立し、梵鐘が鋳造された。念仏門の扁額は諦岸の筆になる。
    鐘楼門建立後、続いて高塀を新規に普請して一通り堂宇の完成を見た。